Ich hab mir gerade nochmal die Secrets angesehen, dazu folgendes:
Bei den meisten sehe ich kein Problem, wenn man die mehrfach nehmen kann.
Den Weapon Trick würde ich als Waffenfokus realisieren, das Stackt dann nicht ermöglicht aber evtl. andere Vorraussetzungen zu erfüllen.
Insgesammt sind fast alle Secrets in der Größenordnung eines Feats, und bei denen wo mir ein Vergleichbares Feat einfällt würde ich das mit mehrfach nehmen wie bei dem Feat regeln.
Im Einzelnen:
Instant Mastery - Vergleiche mit Open Minded (CAdv glaub ich) Kein Problem das Mehrfach zu nehmen.
Sercet Health - Vergleiche mit Toughness könnte man als eben dieses Feat umsetzen, mehrfach nehmen und stacken lassen kein Problem
Lore of Tounges - da fällt mir kein vergleichbares Feat ein, aber wer universalübersetzter werden will, viele Sprachen zu kennen ist balancetechnisch kein Problem also kann man auch dass mehrfach zulassen, wenn jemand seine Secrets dafür verschwenden will.
Dungeon Sight - Da gibt es glaub ich auch irgendwo das Feat Improved Darkvision, dass die etwas hochsetzt. Wie schon ein Vorredner angesprochen hat, 60ft. oder + 60 ft. wenn schon vorhanden. Hier würde ich kein mehrfachnehmen erlauben, sonst kommt der Drow mit 360ft. Darkvision, oder ein Maximum einführen z.B. 60 ft Darkvision, if the Charackter already has Darkvision its range increases by 60 ft. to a mximum of 120ft.
Martial Arts - Das ist eine Martial Weapon Profiency oder eine Exotic Weapon Profiency, und kann genau wie eine solche auch gehandhabt werden, inclusive Mehrfachnehmung um mit mehr Waffen umgehen zu können. Eine Einschränkung auf Waffen die zum Fluff passen wäre aber sinnvoll.
Weapon Trick - vergleiche mit Waffenfokus. Würde ich auch als solchen realisieren. Dann kann man auch hier mehrfaches nehmen erlauben und blödsinn macht auch keiner.
Dodge Trick - Vergleiche mit Dodge. Das feat ist hier schwächer. Entweder ist es sinnvoll den tatsächlich auf einmal einzuschränken, oder man realisiert es als Feat Dodge mit der Option es mehrfach zu nehmen um es gegen mehrere Gegner gleichzeitig einsetzen zu können, oder einen höheren Bonus gegen einen Gegner zu bekommen.
Forgotten Spell Lore - gibt ein Bonus MM Feat. Kann auch problemlos mehrfach genommen werden.
Newfound Knowledge - Ist von der Mächtigkeit her vergleichbar mit einem extra Spell Slot für Grad 6-7 mit einem daran gebundenen Spruch. Bei der Wirkdauer sehe ich da kein Problem, selbst mit dem Zusatz es mehrfach für mehr Anwendungen nehmen zu können. Ich würde dann aber für das einsetzen der Fähigkeit den selben Zeitaufwand ansetzen wie für den Spruch auf den es basiert.
Dungeon Familiarity - Vergleiche Bonus Domain. Das wäre zwar schon ein episches Feat, aber da es an eine konkrete Domäne gebunden ist, ist mehrfachnehmen aus sich selbst heraus ausgeschlossen, und im Blick auf Kleriker PrCs die öfters mal eine Bonus-Domäne geben kein Problem.