Für 2e gab es Faith's & Avatars, AFAIK hatte das solche Informationen. Auch Faiths and Pantheons für 3e hat informationen über Tempel.
Ansonsten sollte man sich an der Natur Mystras, ihrer Dweomerkeeper und ihrer Anhänger orientieren: Mystra ist die Göttin der Magie, ihre Kleriker sind meist auch zumindest zum Teil Arkanisten (ihre Spezialpriester sind es alle), und die Mehrheit ihrer anderen Anhänger sind ebenfalls Arkanisten. Sie verlangt die Erhaltung der Magie, die Erschaffung neuer Magie, und dass jeder, der Talent hat, die Kunst der Magie erlernen kann, auch wenn er kein Geld hat.
Die Tempel und heiligen Stätten von Mystra spiegeln das wider: Oft sind es zum Teil oder sogar fast ganz Bibliotheken, Magiertürme, Magieläden, Labore, Magierschulen, Magiewerkstätten oder alles zusammen, wobei natürlich auch die gewöhnlicheren Komponenten wie Sakristeien, Räumlichkeiten für Gottesdienste und Zeremonien, und der gleichen zu finden sind.
Darüberhinaus sind eben genannte Bauwerke oft genug heilige Stätten Mystras.