Ganz im Gegenteil halte ich Horrorthemen in Verbindung mit Eberron fast schon für eine natürliche Wahl. Seien es die Klassiker wie Frankenstein oder auch Jekyll& Hyde, also der verrückte Wissenschaftler, seien es Themen aus dem Bereich des Lovecraftianischen Mythos (Xoriat, Dael'kyr), seien es Untote (Karrnath, die Elfen), das Blut Vols und die Mournlands nicht zu vergessen, das alles ist jetzt schon im Setting angelegt, und kann ohne weiteres um weitere Thematiken des Genres angereichert werden.
Ich sehe da also überhaupt keine Probleme. Als kleines Beispiel sei das hier im Gate gespielte Online-Abenteuer
Where Madness Dwells beigefügt, dass der Spielleiter nach Eberron transferiert hat, und das diese beiden Themen sehr schön miteinander verbindet.
Eberron wird ja oft zu Unrecht als Steampunk bezeichnet, hat aber sicher eine gewisse Nähe zu dieser Variante der Fantasy. Da haben sich die Wizards mit dem Ravenloft-Ableger "Masque of the Red Death" schon mal dran versucht, mit Eberron würde das aber ganz sicher ebenfalls funktionieren.