Es gibt da verschiedene Aspekte zu beachten. Dass die Spieler sagen "mein Charakter würde das tun", finde ich erstmal toll und es sollte unterstützt werden. Jetzt müsst ihr zunächst mal entscheiden (am besten als Gruppe), wie viel Platz diese "Nebentätigkeiten" beanspruchen sollen. Danach kannst du entscheiden, ob du es sehr kurz (als Skillcheck o.ä.) abhandeln willst oder länger als echte Sidequests. Letzteres wird sicher irgendwann langweilig, deshalb müsstest du irgendeinen Bezug zur Haupthandlung herstellen. Ohne die zu kennen und die Hintergründe der Charaktere, kann man da schwer konkrete Ratschläge geben.
Wichtig ist natürlich, dass die anderen Charaktere in der Zeit nicht nichts machen. Die haben ja vermutlich ihre eigenen Motivationen und werden nicht einfach nur in der Taverne sitzen. Überhaupt frage ich mich, warum die Charaktere nichts besseres zu tun haben. Du solltest da vielleicht versuchen, ihre Motivation (die der Charaktere, und dadurch der Spieler) für die Verfolgung der Haupthandlung zu erhöhen.
Ich skizziere das mal ganz kurz und ein bisschen nach Holzhammermethode:
Deine Plan sieht vor, dass die Spieler gegen den großen Weltenvernichter antreten. Die Diebe machen ihre Raubzüge (entweder kurz abgehandelt oder ausgespielt), früher oder später geht dabei ohne Zweifel was schief, die Gruppe fliegt auf, sie haben sich mit der Kirche der Weltenretter angelegt, wahrscheinlich ohne es zu wissen. Der Große Mufti der Weltenretter, der zu mächtig, um von der Gruppe besiegt zu werden, kommt auf sie zu und sagt, "Hey, ihr habt euch mit den falschen angelegt und werdet in die Strafkolonie der Weltenretter kommen. Glücklicherweise brauche ich gerade jemanden mit genau euren Talenten und könnte vielleicht eure Akte verlieren, wenn ihr ein Problem für mich löst." Voilà, Questhook!
Ergänzend zur Frage der Skill-Checks: Meistens interessiert sowas im Spiel nicht, aber es gibt zum Beispiel Regeln, wie viel Geld mit Craft-Checks zu verdienen ist. Die könntest du für deine Zwecke anpassen. Als Zwischending zwischen Ausspielen und Skill Check gäbe es noch Skill Challenges (DnD 4e). Ich bin kein Fan davon, aber wenn sie richtig gemacht sind, sollen sie ein gutes Mittel sein, hört man. Vielleicht will jemand anders das ausführen. (Trifft nicht ganz den Punkt, aber ich möchte an dieser Stelle mal die
Artikel von Angry DM erwähnen. Sollte jeder mal gelesen haben)
Zuletzt ist da noch die Frage von Alignment und Konflikten innerhalb der Gruppe. Auch das solltet ihr möglichst schnell klären, welche Rolle das spielen soll. Manchen macht es Spaß, das auszuspielen, andere Spieler fühlen sich damit überhaupt nicht wohl. Hier ist vielleicht eher kein ganz demokratisches Verfahren angebracht, sondern du solltest das letztendlich entscheiden und im Zweifelsfall eher dagegen. Wenn ihr euch dagegen entscheidet, dann solltet ihr das mit den Diebeszügen wahrscheinlich auch möglichst klein halten. Dann müsst ihr für die geldgierigen Charaktere eben Gründe finden, warum ihnen jetzt gerade andere Dinge wichtiger sind.